辅徐阶透过这个意思。他把海瑞比作殷末的忠臣比，却又不肯承认自己是纣王。他承认海瑞说的也有理，却又认为自己年老病重，不可能再改了。因此他只有责打女来气。这样拖了一段时间后，嘉靖还是下令逮捕了海瑞，锦衣卫审讯，问成死罪。然而嘉靖又一直不批准海瑞的死刑，只是将他东厂监禁。十个月后，嘉靖终于死去，成为一个已经知自己过错却又“死不改悔”的皇帝。消息传来，狱中以酒肴招待海瑞，祝贺他狱有望，海瑞却放声号哭，继以呕吐，最后倒在地。

新君隆庆皇帝登极以后，海瑞被释狱。现在他已成了更大的英雄，其声望之，整个帝国无人不晓。他很快就官复原职，又一升再升，其职衔已于前述。事实上不升也是不行的。没有哪个吏的官员胆敢反对这位举国瞩目的英雄人步步升，也没有谁会对他的品行德提质疑。这样，在相当短的时间内，海瑞一步步地升了上去，直至升到应天巡抚，然后因遭弹劾而被迫辞职。

海瑞的第三次罢官完全是他自找的。

依照内阁和吏的想法，对海瑞的最好的安排，是让他担任一品级较而实权较小的职务，把他当作一个活化石供在庙堂之上。这样对大家和他自己都比较合适。再说，像海瑞这样连皇帝都敢骂的人，放到哪个要害门都是麻烦。万一闹什么来，不但大家脸上不好看，对海瑞自己也没有什么好。因此，内阁和吏的安排，亦无妨看作对海瑞的保护。

然而海瑞却不领情，他的责任心和使命都不允许自己尸位素餐，无所作为。他不理解朝廷为什么对他表示了足够的尊敬却又不给予信任，也不能满意于在一个又一个面而又无聊的闲职上耗费光。于是，他决定表示抗议。或者说，将内阁一军。他的机会很好，这一年(公元1569年)正好是所谓“京察之年”海瑞便趁机给皇帝上了一份奏折，宣称像他这样不能为国家作重大贡献的官员，其实应予革退，颇有些“当官不为民主，不如回家卖红薯”的味。

内阁和吏拿这个咬不动、煮不烂、杀不死、吓不怕又死不开窍的怪人毫无办法。既然不能罢黜，那就只能给他一个实缺，任命他为应天巡抚，驻地苏州。何况，外放也有外放的好：不在皇上和内阁的底下，不见心不烦，耳朵也要清净一些。

海瑞决心大一场。他要扬善惩恶，移风易俗，作一个榜样来。这先声夺人的气势让许多贪官污吏土豪劣绅闻风丧胆。缙绅之家纷纷把朱漆大门改成黑，以示素朴，得苏州城里好像家家都在办丧事。气焰嚣张的江南织造太监也夹起了尾，把自己的轿夫由八人减至四人。但海瑞仍觉得很不过瘾，他下令：境内的公文，今后一律使用廉价的纸张。公文后面不许留有空白，以免浪费。他甚至预官民的私生活，就连佩奢华的首饰和嗜吃甜的零，也在禁止之列。

事实上海瑞整顿吏治的计划正是通过一个个可作的规定来实施的。比方说，为了整肃江南士大夫官府互通关节的风气，他规定：凡乡绅、举人、监生等到衙门拜见官员，或投递书信，必须行登记。登记的内容包括谈话的要和书信的节录，官员行则要记载行踪和言论。凡不让登记、所记不实或事后篡改者，官员和登记者都要受到罚。对于过往的官员，海瑞也不客气，规定他们均应自雇人夫和船只，地方上只负责补贴费用。海瑞认为，这样既可以使那些逢迎拍的人无从下手，也可使那些借巡之际搜刮民脂民膏的人一无所获，还可以一正官场的风气，因此应予决地执行。